在《孤島危機2》中，紐約將會受到一群擁有致命武器的恐怖外星生物攻擊。它們不僅感知靈敏，而且彼此間合作無間，將會成為第一人稱射擊游戲中玩家所見到過的最具挑戰(zhàn)性的敵人。

身處一片腐敗的景象中，玩家必須對眼下的情況作出判斷，適應都市環(huán)境并且利用手中僅有的武器和能力來解救紐約市。Morgan來到這個荒廢的世界并且靠自己的勇氣讓它重復生機，其中閃回和陰謀將會交織不斷，這在視頻游戲中是很難得一見的。在《孤島危機2》中，外星人以全面入侵的姿態(tài)歸來，不消滅全人類誓不罷休。在紐約市，恐怖的外星入侵者游蕩在街道上，戰(zhàn)栗的居民在瘟疫面前接二連三地倒下。城市系統(tǒng)一片混亂，視線所及之處盡是燃燒的廢墟。無論是警察系統(tǒng)還是國家戰(zhàn)爭機器都不能阻擋入侵者的腳步，那些不愿意逃走的人只能茍延殘喘。只有最先進的技術(shù)才能幫你在這片地獄中生存下去。必須得有人來傳承人類生存的意志。你必須依靠第二代納米生化服的戰(zhàn)斗技術(shù)，在紐約市林立的大廈之間穿行，為人類的生死存亡作最后一搏。